Vor der Küste Tokyos versammeln sich Ingenieure aus der ganzen Welt, um die Inbetriebnahme der „Pacific Buoy“ vorzubereiten, mit der Überwachungskameras aller Polizeibehörden weltweit miteinander vernetzt und eine Gesichtserkennungssoftware getestet werden soll. Unterdessen lädt Sonoko ihre Freunde auf eine Reise ein, um Wale zu beobachten – Conan und die Detektiv Boys eingeschlossen. Als Conan erfährt, dass Gin von der Schwarzen Organisation einen Europol-Mitarbeiter ermordet hat, schleicht er sich aus Sorge auf ein Polizeischiff und infiltriert so die Einrichtung. Dort sind die Vorbereitungen für die vollständige Aktivierung des Systems in vollem Gange, bis eine Ingenieurin von der Schwarzen Organisation entführt wird und ihnen so ein USB-Stick mit speziellen Informationen in die Hände fällt. Doch dem nicht genug, denn aus den Tiefen des Ozeans taucht eine weitere Gefahr auf …

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