Lors d'une mission pour sauver le monde aquatique dans lequel il vit, Bob l'éponge débarque dans le nôtre pour la première fois. Lorsque le pirate Steack barbare (Antonio Banderas) vole la recette secrète du pâté de crabe, Bob l'éponge et ses amis viennent sur terre pour la récuperer. Pour réussir, ils doivent faire équipe avec leurs ancien rival, Plancton, c'est alors qu'ils vont tous devoir faire ressortir leurs instincts de super héros pour pouvoir vaincre le super méchant..
